在与戈鲁戈姆战斗后半年,本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下,但光太郎不答应,于是杰克将军便将其变身机能破坏。
变身机能破坏的情况下,光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候,光太郎被神秘的太阳光线照射,其体内的帝王石亦产生了变化,光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX,并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
旗本三浦銀之助のもとに奇怪な話が伝えられた。両国の水茶屋の亭主が、甲州七面山の山中で、銀之助の親友鈴木栄吾に遭遇したという。甲府勤番に役替となった栄吾は、通告によれば、十日前に死んだとのことであったが…。 直接亭主に会おうとした銀之助だったが、亭主はすでに何者かによって殺害されていた。他方、岡っ引の常吉は、子分と共に事件の調査に乗り出す。 銀之助は、栄吾が小梅にある社「青日明神」を信仰していたことを知るが、その社は「釘〆ニ閂」の神紋や金槌の図柄の絵馬という変わった特徴を持っていた。 真相究明のため、銀之助は甲州街道を西へ向かう。事件探索への黒い圧力に突き当たった常吉も、そして栄吾を慕う女性も続いて甲州へ後を追う。 甲州の隠れ里へ足を運ぶ銀之助に接近する謎の暗躍者。出現する第二第三の死体。甲斐の歴史に導かれた策謀事件の顛末は…。