斗魂圣地一战之后,为了拯救枯萎的灵界灵树,六支浇灌灵树灵液化作灵树之种,由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击,镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心,在苍麟拼死牵制下,紫染带着灵树之种开始逃亡,在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心,斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
故事延续第二季主线,灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断,本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝,两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集,在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽,在新一辑故事中再次面临挑战!黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」;天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义,获得「山外山」五大守护圣兽的信任,将其圣洁的力量交予问天和天晶兽;然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机,从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印,美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。
在「山外山」旅程后,「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼,居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶!可是经过详细的调查,发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子,竟是宽容与纯真的兄弟!幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保(把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽)在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子!他们一行人又怎么克服此次困难呢?