20世纪末,一种被称为“B细胞”的物质被发现存在于生物体内,这种物质会直接侵入生物的DNA内部,使其产生异变。科学家们对这种奇妙的物质产生了极大的兴趣,为此进行了多次动物实验,并秘密地准备将B细胞用在人体上。高中生海堂佑司在不知不觉中成为了牺牲品,也因B细胞的活性化而被诊为不治之症,进入了精心安排下的冷冻睡眠。在这段时间内,由于动物体内的B细胞无法通过冷冻来抑制,使其发生了突变增殖引发了物种变化,兔子和小狗成为了巨大的虫状怪物 BLUE。它们在很短的时间内交配繁殖,并将人类当作了自己的食物。整个世界很快就被数量庞大的BLUE所占据,只有1千万左右被选出的人逃到了太空殖民地“第二地球”里,而剩下的人类却只能留在地面上被BLUE所蹂躏……
人类的手亲手造出了罪孽,人类的手再次将自己推向无尽的深渊,不是天灾,不是虫孽,只是人祸而已……
故事的開始是被認為是宇宙中心的星球,銀河鐵道的全部乾線的起點站迪斯迪尼(Destiny)。有紀學為了繼承不在世的父親和哥哥的遺志,加入守護銀河鐵 道的安全的空間鐵道警備隊(簡稱SDF)。SDF為了守護在宇宙被認為是正確的銀河鐵道的運行日程,應付在各線路發生的事故,如災害、救命急救、宇宙海盜 的討伐等。
與SDF與銀河鐵道全線拉上關系的是一神謎的美女Layla Destiny Shura,她持有看出人和生物,行星的命運的能力。她並不會隨時使用其力 量,讓旅客自己尋找自己的方向,可說是一個「命運的守護者」。可是,有人用邪惡的力量打算改變旅客的命運,迫使她發動出隱藏的力量。
面积占东京都西部1/3、人口超过230万、八成以上由学生组成的学园都市,尖端科技发展迅速,超能力开发已经深入到城市的各个角落。超能力水平高达Level 5的御坂美琴(佐藤利奈 配音)如往常一样和初春饰利(丰崎爱生 配音)、白井黑子(新井里美 配音)等好友过着平凡的日子,间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天,在调查一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信(叶山郁美 配音),从而得知用美琴的DNA大批量复制超能力者的“量产型能力者计划”。不安定的气氛在都市角落肆意蔓延……
本片为镰池和马(原作)、冬川基(作画)的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。