Professor Daiba unleashes an ancient horror from it's sleeping chamber. The crew members of the Arcadia set sail to stop it as well as have Tadashi Daiba meet Captain Harlcok.
当莉洛(黛维·切斯 Daveigh Chase 配音)和史迪奇(克里斯·桑德斯 Chris Sanders 配音)终于完成了他们的任务之后,史迪奇即将和贾巴博士(大卫·奥根·斯提尔斯 David Ogden Stiers 配音)以及普利凯利(凯文·麦克唐纳 Kevin McDonald 配音)一起返回他们的星球,然而,就在这个节骨眼上,一个名为勒罗伊(克里斯·桑德斯 Chris Sanders 配音)的邪恶试验品浮出了水面。
野心勃勃的汉姆斯特维尔博士(杰夫·贝内特 Jeff Bennett 配音)想要将极为危险的勒罗伊复制成为一支军队,统治整个宇宙。为了粉碎汉姆斯特维尔博士的阴谋,莉洛和史迪奇再度合作,他们所要面对的,是和往日不同的,强大而又危险的敌人。
萨米(比利·安格 Billy Unger 配音)和雷(卡洛斯·麦卡勒斯 Carlos McCullers II 配音)带着孙子艾拉(Shyloh Oostwald 配音)和瑞琪(Carter Hastings 配音)出海游玩,却不幸被人类的渔船捕获,它们的目的地是全球最豪华的人造水族馆,这也就意味着,一旦它们到达那里,就再也无法获得自由重回大海了。
龙虾露露(乔·托马斯 Joe Thomas 配音)、怪鱼金宝、小丑鱼塔茨,在船上,萨米和雷结识了一群和它们同病相怜的海洋生物们。它们不仅要在坚不可摧的穿上找到突破口,还必须提防野心勃勃的海马老大,这位狂妄武断的独裁者,它设计出的逃亡方案是否能够行得通呢?除此之外,失散的爷孙四人又能否再度团聚呢?