ある暑い夏、鬼太郎の元に手紙が届いた。手紙の主は川村メグミという少女だった。彼女の父親は植物学者でバルル島にいるというが、ある日行方不明になったという。
バルル島に着いた鬼太郎は村人から詳細を聞き出す。ジャングルに向かい、キジムナーと対決。しかし、アカマタに妖気を奪われ、捕らえられてしまった。南方妖怪は日本人に怒っていたのだ。鬼太郎は下駄とちゃんちゃんこを奪われ、生命の水を飲まされ大海獣にされてしまった。
妖気を取り戻す薬草を探し出す目玉おやじ達。街で海獣が暴れているという情報を知る。海獣になった鬼太郎は仲間と出会うが、言葉が話せず自分が鬼太郎だと気づいてもらえない。鬼太郎は鏡に映った自分の姿に驚き、振り向くと東京の街を破壊していた。自衛隊の攻撃を受けながらも海に逃げ込んだ。
傷ついた鬼太郎は「もう元に戻れないかも知れない。バルル島に行ったことは後悔...
某天,草帽海贼团的诸位拾到一个漂流瓶。根据漂流瓶中的信息,在伟大航路上有一个娱乐至上的狂欢岛,靓女、美酒、佳肴应有尽有,是一个海贼中的海贼最值得去的地方。众人几乎未作过多迟疑,扬帆便向狂欢岛挺进。然而到达目的地才发现,这却是一个渺无人烟的荒凉小岛。当然好戏还在后头,他们很快便发现一个超级华丽的乐园。乐园的主人狂欢男爵承诺赐予众人天堂般的享受与欢乐,不过在此之前,他们还必须经过地狱般的试炼。已被“勇猛海贼”虚名冲昏头脑的路飞不顾众人阻拦,带着大家开始了一场莫名其妙的探险之中……
本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编,是2005年上映的第六部动画剧场版。