上一部中,熊猫阿宝(杰克·布莱克 Jack Black 配音)功成名就,成为名震四方的神龙大侠。平日里他随同师傅(达斯汀·霍夫曼 Dustin Hoffman 配音)以及盖世五侠:悍娇虎 (安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 配音)、猴王(成龙 Jackie Chan 配音)、快螳螂(塞斯·罗根 Seth Rogen 配音)、俏小龙(刘玉玲 Lucy Liu 配音)、灵鹤(大卫·克罗斯 David Cross 配音)在和平谷修炼,生活悠哉游哉。这一日,一伙恶徒闯入山谷抢夺金属材料,在与他们交手中阿宝意外产生幻觉,由此对自己的身世感到疑惑。
另一方面,恶徒的魁首白孔雀沈王爷(加里·奥德曼 Gary Oldman 配音)正图谋闯入王宫,称霸全中国。新的正邪大战拉开序幕,阿宝他们面临前所未有的挑战……
四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中,在师父(成龙 配音)的训练下,他们成为了功夫高超的“忍者神龟”,渴望被人类接纳的四小只,在人类朋友艾普的帮助下,开始追踪一个神秘的犯罪集团,但随着一支强大变种生物军队的降临,同样属于变种生物的忍者神龟们知道,这下**烦来了……
繁华时尚的忍者岛,乐高小人们过着快乐无忧的日子,除了……隔三差五会遭到邪恶魔头加满都(贾斯汀·塞洛克斯 Justin Theroux 配音)的入侵骚扰外。当然,幸亏有英勇无畏的幻影忍者,他们一次次挺身而出,与魔王大战,才使得忍者岛免于被邪恶统治的危险。绿色忍者劳埃德(戴夫·弗兰科 Dave Franco 饰)是加满都的亲生儿子,不知道他忍者身份的市民们因此经常嘲笑辱骂劳埃德。郁闷的青年只得将一腔怒火撒在以破坏为乐趣的加满都身上。在又一次遭到挫败后,加满都带着威力更强大的军团卷土重来。关键时刻,劳埃德启动了吴大师(成龙 配音)禁止使用的终极武器,最终给忍者岛带来毁灭性的灾难。
为了拯救忍者岛,幻影忍者们跋山涉水,甚至与加满都展开了合作……